С 1960 по 1990 год работал на Уфимском нефтеперерабатывающем заводе имени XXII съезда КПСС начальником установки, заместителем начальника цеха, заместителем начальника производства, заместителем главного инженера по пуску и наладке новых производств. С 1976 по 1978 год работал главным химиком — заместителем главного инженера, с 1978 по 1986 год — главным инженером, а с 1986 по 1990 год — директором завода.
Являлся членом КПСС с 1974 по август 1991 года.
Избирался народным депутатом СССР и членом Верховного Совета СССР, народным депутатом Республики Башкортостан и Уфимского городского Совета народных депутатов.
С 1990 по 1993 год — Председатель Верховного Совета Башкирской АССР. В этот период были приняты Декларация о государственном суверенитете Республики Башкортостан (11 октября 1990 года), подписаны Федеративный Договор и Приложение к Федеративному Договору от Республики Башкортостан (31 марта 1992 года), новая Конституция Республики Башкортостан (24 декабря 1993 года).
В августе 1991 года вначале поддержал ГКЧП, но после его проигрыша объявил о выходе из КПСС и поддержке Президента РСФСР Ельцина.
12 декабря 1993 года всенародно избран первым Президентом Республики Башкортостан, набрав 63 % голосов избирателей. Инаугурация состоялась 25 декабря 1993[3][4]. 3 августа 1994 в ходе первого президентского срока был подписан Договор Российской Федерации и Республики Башкортостан о разграничении предметов ведения и взаимном делегировании полномочий между органами государственной власти Российской Федерации и органами государственной власти Республики Башкортостан.
14 июня 1998 года на выборах переизбран на пост Президента Республики Башкортостан на второй срок, набрав 70,2 % голосов. Основной соперник Риф Каззакулов, министр лесного хозяйства республики, набрал 9 % голосов избирателей. Остальных кандидатов: Марата Миргазямова, Рафиса Кадырова, Александра Аринина ЦИК не допустил до выборов, сославшись на фальшивые собранные подписи.
В 1993—2001 годах являлся по должности членом Совета Федерации РФ и членом Государственного совета Российской Федерации. С 12 марта по 17 сентября 2001 — член президиума Государственного совета Российской Федерации[5][6].
В 1999 году стал одним из учредителей и сопредседателей всероссийской партии «Отечество — Вся Россия», вошедшей 1 декабря 2001 года в партию «Единая Россия».
21 декабря 2003 года в соответствии с Федеральным законом «Об основных гарантиях избирательных прав и права на участие в референдуме граждан Российской Федерации» М. Г. Рахимов, набрав во втором туре 78,01 % голосов, в третий раз всенародно избран Президентом Республики Башкортостан[7].